Las instalaciones portuarias fueron diseñadas en su origen como parte integrante del complejo industrial de Aluar (Aluminio Argentino). En ese contexto, el proyecto incluía un muelle mineralero para la recepción de la materia prima (principalmente bauxita) y un muelle de carga general para el envío del producto terminado a los centros industriales (cordón La Plata – Buenos Aires – Rosario). Por otro lado, y como actividad secundaria, atendería a la carga general de la región.
A partir de los años 80 y con el desarrollo de la actividad pesquera en la Argentina, Puerto Madryn sufrió su primera transformación de importancia. El muelle comenzó a ser utilizado por los buques pesqueros como base de operaciones. Así el puerto amplió su atención a los buques factoría y congeladores. El desarrollo de esta nueva actividad trajo aparejada la instalación de un parque industrial pesquero al norte del puerto, donde se procesa la captura.
En los años 90, la sanción de la Ley 24.093/92, que desregula la actividad portuaria, permitió que el puerto pasara a jurisdicción de la provincia del Chubut, según la Ley Provincial Nº 3755 y su Decreto Reglamentario Nº 209/93., y por lo tanto que las decisiones y la gestión de la operación portuaria pasaran a depender primordialmente de las necesidades de la Provincia y de la región que atiende el puerto.
El 1º de mayo de 1995 es la fecha de inicio de actividades de la Administración Portuaria de Puerto Madryn, un ente público no estatal con personería jurídica y plena capacidad legal, que tiene a su cargo la explotación y administración de los muelles de nuestra ciudad.
En años posteriores fueron apareciendo nuevas actividades vinculadas con el puerto, como el procesamiento de rocas porfídicas provenientes de canteras distantes a unos 70 kilómetros de Puerto Madryn, y el atraque cada vez más intensivo de buques turísticos de pasajeros.
A su vez, a raíz de las políticas nacionales con respecto a la implementación de energías renovables, fue realmente importante el arribo de partes de aerogeneradores por el Muelle Almirante Storni para ser instalados en la zona.
Actualmente, el complejo logístico que integra el Muelle Almirante Storni se encuentra posicionado como el principal puerto de descarga de langostino en el país, y desde la APPM se busca la innovación constante con el fin de estar siempre a la altura de los nuevos desafíos que se presentan.