En las áreas protegidas del sur del país se llevan a cabo importantes trabajos de investigación para la protección de las colonias.
El 25 de abril se celebra el Día Mundial del Pingüino, con el fin de promover el cuidado y la protección de esta ave marina que se encuentra entre las más amenazadas. En este sentido, Parques Nacionales se presenta como un eslabón fundamental para su conservación.
Dos tercios de las especies de pingüinos existentes en el mundo están incluidas en la Lista Roja de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN) de Especies Amenazadas, debido al cambio climático, la pesca, la degradación del hábitat y la introducción de especies exóticas, entre otros factores. Estas aves marinas dependen de regiones altamente productivas del mar para alimentarse, y según la especie y el lugar donde viven, su dieta se compone de crustáceos y calamares.
Por esta razón, las áreas protegidas del sur del país cumplen un rol estratégico para la protección de estas colonias, donde se llevan a cabo importantes trabajos para su conservación.
En la provincia del Chubut, en el Parque Interjurisdiccional Marino Costero Patagonia Austral se reproduce el pingüino de Magallanes (Spheniscus magellanicus), con una población menor a las 100.000 parejas, con diecinueve colonias que equivalen aproximadamente al 10% de la población total de la Patagonia, de acuerdo al último censo realizado en el año 2015.
El Parque Interjurisdiccional Marino Isla Pingüino, ubicado en la provincia de Santa Cruz, con más de 155.000 hectáreas pertenecientes a la ecorregión del Mar Argentino protege trece colonias de pingüinos de Magallanes, con 60.000 parejas. Además, en este Parque se encuentra una colonia de pingüinos penacho amarillo (Eudyptes chrysocome), con 1.100 parejas, considerados una especie amenazada.
También en Santa Cruz, se encuentra el Parque Nacional Monte León que cuenta con una colonia de pingüinos de Magallanes, con más de 40.000 parejas, que se reproducen en esta área perteneciente a la ecorregión Estepa Patagónica.
Asimismo, en la Reserva Natural Silvestre Isla de los Estados, ubicada en Tierra del Fuego, se protegen 1.600 parejas de pingüinos de Magallanes en la Isla que lleva el nombre de la Reserva, 105.500 en la Isla Observatorio y 15.000 en Isla Goffré. En esta área natural, además, se pueden observar 140.000 parejas de Penacho Amarillo y la presencia de Pingüino Rey (Aptenodytes patagonicus).
Cabe destacar que dentro de estas áreas protegidas la Administración de Parques Nacionales realiza importantes estudios de conservación como trabajos de monitoreo del tamaño poblacional, tendencia de las colonias y medición del éxito reproductivo de las distintas especies.
A su vez, profesionales de distintos Institutos y centros de investigación llevan a cabo, con la colaboración de técnicos de conservación del Organismo, estudios acerca de patrones de migración, alimentación, genéticos poblacionales, especies mamíferas introducidas, instrumentación de GPS, muestreos de sangre y efectos de las pesquerías, entre otros.
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